Alcoba i McPhee se izborili za odlične startne pozicije, ali zbog kazne kreću iz boksa.
Andrea Migno je bio brz od početka trkačkog vikenda u Portugalu, a na kvalifikacijama je samo potvrdio da je u dobroj formi i da mu prija ova staza.
Uz zaostatak od samo 0,149s, za 2.mesto se izborio njegov sunarodnik Dennis Foggia, momak koji je prošle godine bio na podijumu u Portimau.
Odličan rezultat ostvario je Gresinijev as Alcoba, ali on neće krenuti sa 3.pozicije zbog kazne koju je dobio nakon „pesničenja“ u Dohi. Njegov protivnik McPhee je takođe kažnjen zbog nesportskog ponašanja i praviće mu društvo prilikom starta iz boksa.
Garcia je tako pomeren u 1.startni red, dok će iza njega krenuti Oncu i Binder.
Najbolji debitant na današnjim kvalifikacijama je Artigas, koji se izborio za odlično 9.startno mesto.
Sa druge strane, potpuno su razočarali neki od favorita, pre svih Masia, Suzuki i Fenati.
Nedeljni trkački dan počinje u 12:20.
| Portimao Moto3 – Startni poredak | |||||
| Poz. | Vozač | Nac. | Tim | Motor | Vreme |
| 1 | Andrea Migno | ITA | Rivacold Snipers Team | (Honda) | 1m 47.423s |
| 2 | Dennis Foggia | ITA | Leopard Racing | (Honda) | 1m 47.572s |
| 3 | Jeremy Alcoba* | SPA | Indonesian Racing Gresini Moto3 | (Honda) | 1m 47.702s |
| 4 | Sergio Garcia | SPA | GASGAS Valresa Aspar Team | (GASGAS) | 1m 47.900s |
| 5 | Gabriel Rodrigo | ARG | Indonesian Racing Gresini Moto3 | (Honda) | 1m 47.909s |
| 6 | John McPhee* | GBR | Petronas Sprinta Racing | (Honda) | 1m 48.362s |
| 7 | Deniz Öncü | TUR | Red Bull KTM Tech 3 | (KTM) | 1m 48.486s |
| 8 | Darryn Binder | RSA | Petronas Sprinta Racing | (Honda) | 1m 48.513s |
| 9 | Xavier Artigas | SPA | Leopard Racing | (Honda) | 1m 48.546s |
| 10 | Ayumu Sasaki | JPN | Red Bull KTM Tech 3 | (KTM) | 1m 48.615s |
| 11 | Jaume Masia | SPA | Red Bull KTM Ajo | (KTM) | 1m 48.622s |
| 12 | Pedro Acosta | SPA | Red Bull KTM Ajo | (KTM) | 1m 48.711s |
| 13 | Tatsuki Suzuki | JPN | SIC58 Squadra Corse | (Honda) | 1m 48.749s |
| 14 | Romano Fenati | ITA | Sterilgarda Max Racing Team | (Husqvarna) | 1m 48.769s |
| 15 | Izan Guevara | SPA | GASGAS Valresa Aspar Team | (GASGAS) | 1m 48.865s |
| 16 | Adrian Fernandez | SPA | Sterilgarda Max Racing Team | (Husqvarna) | 1m 49.814s |
| 17 | Niccolò Antonelli | ITA | Avintia Esponsorama Moto3 | (KTM) | 1m 49.834s |
| 18 | Filip Salac | CZE | Rivacold Snipers Team | (Honda) | 1m 50.096s |
| 19 | Andi Farid Izdihar | INA | Honda Team Asia | (Honda) | 1m 49.153s |
| 20 | Yuki Kunii | JPN | Honda Team Asia | (Honda) | 1m 49.435s |
| 21 | Kaito Toba | JPN | CIP Green Power | (KTM) | 1m 49.613s |
| 22 | Ryusei Yamanaka | JPN | CarXpert PruestelGP | (KTM) | 1m 49.618s |
| 23 | Maximilian Kofler | AUT | CIP Green Power | (KTM) | 1m 49.636s |
| 24 | Carlos Tatay | SPA | Avintia Esponsorama Moto3 | (KTM) | 1m 49.723s |
| 25 | Stefano Nepa | ITA | BOE Owlride | (KTM) | 1m 49.744s |
| 26 | Riccardo Rossi | ITA | BOE Owlride | (KTM) | 1m 49.842s |
| 27 | Jason Dupasquier | SWI | CarXpert PruestelGP | (KTM) | 1m 49.970s |
| 28 | Lorenzo Fellon | FRA | SIC58 Squadra Corse | (Honda) | 1m 50.234s |