Fantastične kvalifikacije za SIC 58 tim, favoriti za šampionski naslov nisu briljirali.
Niccolo Antonelli se na najbolji način vratio na stazu posle povrede. Posle loših vožnji u petak, Italijan je prvo morao da prođe kroz Q1, a to iskustvo mu je možda i pomoglo da se na kraju domogne pol pozicije u Motegiju. Odličan rezultat SIC 58 tima upotpunio je Suzuki koji se izborio za 3.mesto, tik iza Alonsa Lopeza.
Makar Yurchenko je na Motegiju ostvario svoj najbolji plasman na kvalifikacijama, plasiravši se na 4.poziciju. Najbolji novajlija je bio Sergio Garcia koji je takođe prvo morao da prođe kroz Q1.
Lider u šampionatu, Lorenzo Dalla Porta, nije briljirao, ali je ipak našao u redu ispred svog glavnog rivala Arona Caneta.
Mnogo više razloga za nezadovoljstvo ima Arbolino koji je, makar matematički, još uvek u borbi za titulu. Nažalost, mladom Italijanu ništa nije polazilo za rukom na Motegiju, pa će trku početi sa 26.pozicije.
Najslabija kategorija otvara VN Japana noćas u 5h.
Startni poredak
| Poz | Vozač | Nac | Tim | Motor | Vreme |
| 1 | Niccolò Antonelli | ITA | SIC58 Squadra Corse | (Honda) | 2m 9.293s |
| 2 | Alonso Lopez | SPA | Estrella Galicia 0,0 | (Honda) | 2m 9.379s |
| 3 | Tatsuki Suzuki | JPN | SIC58 Squadra Corse | (Honda) | 2m 9.626s |
| 4 | Makar Yurchenko | KAZ | BOE Skull Rider Mugen Race | (KTM) | 2m 9.694s |
| 5 | Sergio Garcia | SPA | Estrella Galicia 0,0 | (Honda) | 2m 9.700s |
| 6 | Lorenzo Dalla Porta | ITA | Leopard Racing | (Honda) | 2m 10.104s |
| 7 | Jakub Kornfeil | CZE | Redox PruestelGP | (KTM) | 2m 10.156s |
| 8 | Aron Canet | SPA | Sterilgarda Max Racing Team | (KTM) | 2m 10.159s |
| 9 | Celestino Vietti | ITA | SKY Racing Team VR46 | (KTM) | 2m 10.350s |
| 10 | Gabriel Rodrigo | ARG | Kömmerling Gresini Moto3 | (Honda) | 2m 10.377s |
| 11 | John McPhee | GBR | Petronas Sprinta Racing | (Honda) | 2m 10.397s |
| 12 | Marcos Ramirez | SPA | Leopard Racing | (Honda) | 2m 10.483s |
| 13 | Albert Arenas | SPA | Gaviota Angel Nieto Team | (KTM) | 2m 10.731s |
| 14 | Darryn Binder | RSA | CIP Green Power | (KTM) | 2m 10.738s |
| 15 | Andrea Migno | ITA | Mugen Race | (KTM) | 2m 10.820s |
| 16 | Kaito Toba | JPN | Honda Team Asia | (Honda) | 2m 10.981s |
| 17 | Ayumu Sasaki | JPN | Petronas Sprinta Racing | (Honda) | 2m 11.395s |
| 18 | Ai Ogura | JPN | Honda Team Asia | (Honda) | No Time |
| 19 | Ryusei Yamanaka | JPN | Estrella Galicia 0,0 | (Honda) | 2m 11.256s |
| 20 | Stefano Nepa | ITA | Reale Avintia Arizona 77 | (KTM) | 2m 11.341s |
| 21 | Romano Fenati | ITA | VNE Snipers | (Honda) | 2m 11.350s |
| 22 | Can Oncu | TUR | Red Bull KTM Ajo | (KTM) | 2m 11.547s |
| 23 | Kazuki Masaki | JPN | BOE Skull Rider Mugen Race | (KTM) | 2m 11.780s |
| 24 | Riccardo Rossi | ITA | Kömmerling Gresini Moto3 | (Honda) | 2m 11.794s |
| 25 | Raul Fernandez | SPA | Gaviota Angel Nieto Team | (KTM) | 2m 11.899s |
| 26 | Tony Arbolino | ITA | VNE Snipers | (Honda) | 2m 12.393s |
| 27 | Tom Booth-Amos | GBR | CIP Green Power | (KTM) | 2m 12.878s |
| 28 | Dennis Foggia | ITA | SKY Racing Team VR46 | (KTM) | 2m 13.163s |
| 29 | Filip Salac | CZE | Redox PruestelGP | (KTM) | No Time |