Italijan upisao treću pol-poziciju u karijeri, ispred Navarra i Oliveire.
Vozač ekipe Ongetta-Rivacold, Niccolo Antonelli postavio je vreme 2’12.653 čime je došao do pol-pozicije na stazi Sepang International Circuit iu vrlo neizvesnoj sesiji gde je jedna sekunda razdvajala čak 14 vozača. Ovo je prva pol-pozicija za Antonellija od trke u Brnu, a sada je bio 0.047s ispred vozača ekipe Estrella Galicia 0,0 Jorgea Navarra.
Navarro se nalazio na osmom mestu ukupno posle 3. treninga, ali je napredovao za više od sedam desetinki tokom kvalifikacija čime je došao do svog petog starta iz prvog reda u 2015. Vozač Red Bull KTM Ajo ekipe Miguel Oliveira (0.240s) zauzeo je treće mesto, sa planom da ne dozvoli Kentu da dodje do titule na Sepangu. Ovo je 7. start iz prvog reda za Oliveiru ove sezone.
Vozač Leopard Racinga Efren Vazquez (+0.303s) će startovati sa četvrtog mesta, ispred vozača ekipe Drive M7 SIC Jakuba Kornfeila (+0.334s) koji je zauzeo peto startno mesto na domaćoj stazi svoje ekipe što mu je najbolji rezultat od četvrtog mesta na stazi Le Mans. Kent je bio isfrustriran činjenicom da su drugi vozači pokušavali da voze u njegovoj zavetrini, pa je čak odlučio da prodje kroz pit-lane kako bi ostao sam na stazi. Na kraju je imao priliku za samo jedan krug koji mu je bio dovoljan za šesto mesto, 0.341s iza Antonellija.
Romano Fenati (SKY Racing Team VR46), Francesco Bagnaia (Gresini Racing Team Moto3), Enea Bastianini (Gresini Racing Team Moto3) i domaći vozač Zulfahmi Khairuddin (Drive M7 SIC) zauzeli su preostale pozicije u prvih deset.
Škot John McPhee se oporavio od pada u 3. treningu i kvalifikovao se na 12. poziciji. Lorenzo Dalla Porta i Gabriel Rodrigo su bili umešani u incidentu u krivini 15 gde su obojica pali sa motora, dok će Ana Carrasco morati da startuje sa 31. mesta nakon ozbiljnog pada u krivini 5 sredinom sesije.
Rezultati kvalifikacija:
| 1 | Niccolò ANTONELLI | ITA | Ongetta-Rivacold | Honda | 2’12.653 | |
| 2 | Jorge NAVARRO | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | 2’12.700 | 0.047 / 0.047 |
| 3 | Miguel OLIVEIRA | POR | Red Bull KTM Ajo | KTM | 2’12.893 | 0.240 / 0.193 |
| 4 | Efren VAZQUEZ | SPA | Leopard Racing | Honda | 2’12.956 | 0.303 / 0.063 |
| 5 | Jakub KORNFEIL | CZE | Drive M7 SIC | KTM | 2’12.987 | 0.334 / 0.031 |
| 6 | Danny KENT | GBR | Leopard Racing | Honda | 2’12.994 | 0.341 / 0.007 |
| 7 | Romano FENATI | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 2’13.106 | 0.453 / 0.112 |
| 8 | Francesco BAGNAIA | ITA | MAPFRE Team MAHINDRA | Mahindra | 2’13.167 | 0.514 / 0.061 |
| 9 | Enea BASTIANINI | ITA | Gresini Racing Team Moto3 | Honda | 2’13.232 | 0.579 / 0.065 |
| 10 | Zulfahmi KHAIRUDDIN | MAL | Drive M7 SIC | KTM | 2’13.280 | 0.627 / 0.048 |
| 11 | Hiroki ONO | JPN | Leopard Racing | Honda | 2’13.282 | 0.629 / 0.002 |
| 12 | John MCPHEE | GBR | SAXOPRINT RTG | Honda | 2’13.538 | 0.885 / 0.256 |
| 13 | Jorge MARTIN | SPA | MAPFRE Team MAHINDRA | Mahindra | 2’13.573 | 0.920 / 0.035 |
| 14 | Karel HANIKA | CZE | Red Bull KTM Ajo | KTM | 2’13.641 | 0.988 / 0.068 |
| 15 | Isaac VIÑALES | SPA | RBA Racing Team | KTM | 2’13.668 | 1.015 / 0.027 |
| 16 | Brad BINDER | RSA | Red Bull KTM Ajo | KTM | 2’13.745 | 1.092 / 0.077 |
| 17 | Stefano MANZI | ITA | San Carlo Team Italia | Mahindra | 2’13.980 | 1.327 / 0.235 |
| 18 | Philipp OETTL | GER | Schedl GP Racing | KTM | 2’14.040 | 1.387 / 0.060 |
| 19 | Alexis MASBOU | FRA | SAXOPRINT RTG | Honda | 2’14.045 | 1.392 / 0.005 |
| 20 | Gabriel RODRIGO | ARG | RBA Racing Team | KTM | 2’14.053 | 1.400 / 0.008 |
| 21 | Darryn BINDER | RSA | Outox Reset Drink Team | Mahindra | 2’14.091 | 1.438 / 0.038 |
| 22 | Juanfran GUEVARA | SPA | MAPFRE Team MAHINDRA | Mahindra | 2’14.103 | 1.450 / 0.012 |
| 23 | Lorenzo DALLA PORTA | ITA | Husqvarna Factory Laglisse | Husqvarna | 2’14.116 | 1.463 / 0.013 |
| 24 | Andrea MIGNO | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 2’14.200 | 1.547 / 0.084 |
| 25 | Maria HERRERA | SPA | Husqvarna Factory Laglisse | Husqvarna | 2’14.217 | 1.564 / 0.017 |
| 26 | Livio LOI | BEL | RW Racing GP | Honda | 2’14.468 | 1.815 / 0.251 |
| 27 | Tatsuki SUZUKI | JPN | CIP | Mahindra | 2’14.551 | 1.898 / 0.083 |
| 28 | Manuel PAGLIANI | ITA | San Carlo Team Italia | Mahindra | 2’14.617 | 1.964 / 0.066 |
| 29 | Jules DANILO | FRA | Ongetta-Rivacold | Honda | 2’14.763 | 2.110 / 0.146 |
| 30 | Remy GARDNER | AUS | CIP | Mahindra | 2’14.912 | 2.259 / 0.149 |
| 31 | Ana CARRASCO | SPA | RBA Racing Team | KTM | 2’15.629 | 2.976 / 0.717 |
| Alessandro TONUCCI | ITA | Outox Reset Drink Team | Mahindra | |||
| Andrea LOCATELLI | ITA | Gresini Racing Team Moto3 | Honda |